อำเภอพระสมุทรเจดีย์แบ่งการปกครองออกเป็น 5 ตำบล แต่ละตำบลแบ่งออกเป็น หมู่บ้าน รวม 42 หมู่บ้าน ได้แก่

1. นาเกลือ (Na Kluea) 8 หมู่บ้าน

2. บ้านคลองสวน (Ban Khlong Suan) 4 หมู่บ้าน

3. แหลมฟ้าผ่า (Laem Fa Pha) 13 หมู่บ้าน

4. ปากคลองบางปลากด (Pak Klong Bang Pla Kot) 4 หมู่บ้าน

5. ในคลองบางปลากด (Nai Khlong Bang Pla Kot) 13 หมู่บ้าน

อำเภอพระสมุทรเจดีย์ เป็นอำเภอหนึ่งในจังหวัดสมุทรปราการ ชื่อของอำเภอนี้ได้มาจากพระสมุทรเจดีย์ (พระเจดีย์กลางน้ำ) ซึ่งพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยโปรดเกล้าฯ ให้สร้างขึ้นบนเกาะกลางแม่น้ำเจ้าพระยาเมื่อปี พ.ศ. 2370

บริเวณปากแม่น้ำเจ้าพระยาของอำเภอนี้ เป็นที่ตั้งของป้อมพระจุลจอมเกล้า สร้างขึ้นในปี พ.ศ. 2436 และได้ใช้เป็นที่มั่นในการรบกับเรือรบฝรั่งเศสในวิกฤตการณ์ ร.ศ. 112 (ในปีเดียวกัน) นอกจากนี้ในบริเวณใกล้เคียง ทางกองทัพเรือยังได้นำเรือรบหลวงแม่กลองซึ่งอนุรักษ์ไว้มาจัดแสดงด้วย

ทิศเหนือ ติดต่อกับเขตบางนา (กรุงเทพมหานคร) มีแนวแบ่งเขตการปกครองระหว่างกรุงเทพมหานครกับจังหวัดสมุทรปราการ และถนนแบริ่ง (สุขุมวิท 107) เป็นเส้นแบ่งเขต

ทิศตะวันออก ติดต่อกับอำเภอบางพลีและอำเภอบางบ่อ มีคลองหนองกระทุ่ม คลองสำโรง คลองทับนาง คลองกู้พารา คลองบางกระบือ คลองบางเหี้ยน้อย คลองสาม คลองหัวเกลือ คลองชลประทาน คลองด่านน้อย และคลองลึกเป็นเส้นแบ่งเขต

ทิศใต้ จรดอ่าวไทย

ทิศตะวันตก ติดต่อกับอำเภอพระสมุทรเจดีย์ และอำเภอพระประแดง มีแนวกึ่งกลางแม่น้ำเจ้าพระยา คลองบางฝ้าย คลองขุด คลองบางนางเกรง และถนนทางรถไฟสายเก่าเป็นเส้นแบ่งเขต